.

0 (hodnocen0 x )

(3) Půjčeno:3x 

BK

EB

Vyd. 1.

Brno : Masarykova univerzita, 2014

289 s. : il. ; 23 cm

ISBN 978-80-210-7712-6 (e-kniha)

ISBN 978-80-210-6363-1 (brož.)

Obsahuje bibliografii na s. 267-279 a rejstřík

Kniha profesora Macholána je první svého druhu u nás. Přináší přehled a stručný popis v současnosti nejpoužívanějších metod fylogenetické analýzy, jako jsou evoluční modely, distanční metody, metody maximální úspornosti a věrohodnosti, bayesovská analýza, testování hypotéz či porovnávání stromů. Zvláštní kapitoly jsou věnovány fylogenetickým metodám vycházejícím z morfologických znaků a teorii koalescence. Publikace poskytuje základní informaci o tom, z jakých předpokladů jednotlivé metody vycházejí, v čem spočívají jejich výhody a nevýhody a v čem se liší. Autorovým cílem je, aby byl čtenář schopen činit poučená rozhodnutí při výběru optimálního přístupu k řešení daného problému a pro daný typ dat, stejně jako získané výsledky správně interpretovat. Knihu jistě přivítají studenti a vědečtí pracovníci širokého spektra evolučních oborů včetně systematické biologie, biogeografie, vývojové a behaviorální biologie, ekologie a ochranářské genetiky..

Anglické resumé

Popsáno podle tištěné verze

001401516

1. Úvod 11 // Definice základních pojmů // Iypy dal 14 // Databáze sekvencí 21 // Seřazení sekvencí 32 // Rozdělení metod fylogenetické analýzy 41 // 2. Maximální úspornost (Maximum Parsimony, MP) 45 // Postup metody 46 // Metody parsimonie 31 // Hledání nejúspornějšího stromu 57 // Parsimonie pro jiné typy dat 63 // Výhody a nevýhody parsimonie 64 // 3. Evoluční modely 69 // Modely evoluce DNA 69 // Heterogenita substitučních frekvencí v různých částech sekvence 79 // Další modely 82 // 4. Distanční metody 85 // Aditivní a ultrametrické stromy 85 // Transformace alozymových a restrikčních dat 89 // Optimálnostní distanční metody 92 // Algoritmické distanční metody - shluková analýza 94 // Algoritmické distanční metody - spojení sousedů (neighbor-joining, NJ) 97 // Výhody a nevýhody distančních metod 100 // Spektrální analýza a Hadamardova konjugace 101 // 5 // OBSAH // 5. Metoda maximální věrohodnosti (Maximum Likelihood, ML) 107 // Základní pojmy ] 07 // Věrohodnost ve fylogenetické analýze 109 // Maximální věrohodnost pro jiné typy dal 118 // Přednosti a zápory metody 118 // 6. Bayesovská analýza 125 // Podstata metody 125 // Bayesovská fylogenetická analýza 127 // Markovovy řetězce 128 // Apriorní pravděpodobnosti 135 // Kontroverzní otázky bayesovské analýzy 139 // 7. Testování hypotéz 143 // Porovnání modelů 143 // Test molekulárních hodin 152 // Spolehlivost fylogenetických stromů a jejich částí 159 //

8. Porovnávání stromů 173 // Tesly párovaných pozic 173 // Distance mezi stromy 179 // Konsensuální stromy 183 // 9. Morfologické znaky 203 // Molekulární ks. morfologické znaky 203 // Kritéria výběru morfologických znaků 205 // Kvantitativní znaky 206 // Kódování kvantitativních znaků 210 // Alternativní přístupy 218 // Problém korelace mezi znaky 221 // Geometrická morfometrie a fylogenetika 221 // Fylogenetický signál a homoplazie v morfometrických datech 228 // Fylogenetické komparativní metody 234 // 10. Koalescence 243 // Kingmanova koalescence 245 // Neutrálni mutace 250 // Vliv populační dynamiky 252 // Rekombinace 257 // Selekce 259 // Vztah koalescence a fylogenetické analýzy 261 // Dodatek 263 // Software 263 // Základní pojmy maticové algebry 263 // Literatura 267 // Rejstřík 281 // Summary 289 // 7

(OCoLC)910939050

(OCoLC)897868837

cnb002611967