.

0 (hodnocen0 x )

EB

EB

ONLINE

Praha : Univerzita Karlova, 2016

1 online zdroj

ISBN 978-80-246-3246-9 (e-kniha)

ISBN 978-80-246-3224-7 (print)

Učební texty Univerzity Karlovy v Praze

Obsahuje bibliografické odkazy

V oblasti molekulární genetiky lze od nástupu nového milénia pozorovat velké pokroky ve vyšetřovacích metodách. Stěžejními momenty tohoto rozvoje byly: dokončení projektu Lidský genom, aplikace čipové technologie a sekvenování nové generace. Úloha bioanalytika při genetickém testování spočívá zejména v provedení spolehlivého laboratorního vyšetření a ve správném hodnocení získaných dat. Z těchto důvodů je v textu kladen důraz na principy používaných analýz. U čtenáře se předpokládají znalosti obecné a molekulární biologie týkající se procesů probíhajících v živých buňkách: replikace, transkripce, proteosyntézy a mechanismů jejich regulace..

Popsáno podle online zdroje

001452627

Předmluva // 1. Historické mezníky v rozvoji molekulárni biologie a genetiky 10 // 2. Lékařská genetika a dědičně podmíněné choroby 14 // 2.1 Monogenně podmíněné choroby 14 // 2.1.1 Autosomálnč dominantní choroby 14 // 2.1.2 Autosomálnč recesivní choroby 15 // 2.1.3 Gonosomálně recesivní choroby 16 // 2.1.4 Gonosomálně dominantní choroby 17 // 2.2 Chromosomovéaberace // 2.3 Choroby s multifaktoriálním typem dědičnosti 18 // 2.4 Mitochondriální genetické choroby 19 // 3. Struktura a funkce nukleových kyselin 20 // 3.1 Základní informace o struktuře nukleových kyselin 20 // 3.2 Genofory jako nosiče genetické informace 21 // 3.3 Funkce molekul RNA v buňce 22 // 3.3.1 Kódující molekuly RNA 22 // 3.3.2 Malé nekódující molekuly RNA 23 // 3.3.3 Velké nekódující molekuly RNA 24 // 3.4 Gen jako základní jednotka genetické informace 24 // 3.5 Genové repetice 26 // 3.6 Genetický kód 26 // 4. Variabilita lidského genomu 28 // 4.1 Charakteristika genomu člověka 28 // 4.1.1 Jedinečné genomové sekvence 28 // 4.1.2 Repetitivni genomové sekvence 29 // 4.1.2.1 Tandemové repetice 29 // 4.1.2.2 Rozptýlené repetice 30 // 4.2 Faktory podmiňující variabilitu genomu 30 // 4.3 Koncepce pojmů mutace a genetický polymorfismus 31 // 4.4 Hardy-Weinbergova rovnováha a vazebná nerovnováha 32 // 4.4.1 Hardy-Weinbergův zákon 32 // 4.4.2 Faktory narušující Hardy-Weinbergovu rovnováhu 33 // 4.5 Typy genetického polymorfismu 33 // 4.6 Příčinné mutace 35 // 4.7 Názvosloví příčinných mutací 36 // 4.8 Vyšetření mutací a genetických polymorfismů 37 // 4.9 Kpigenetické změny v lidském genomu 39 // 4.9.1 Methylace DNA 39 // 4.9.2 Methylace DNA a genetické choroby 40 // 5. Izolace nukleových kyselin 41 // 5.1 Principy izolačních metod 41 // 5.1.1 Fenol-chloroformová extrakce 42 //

5.1.2 Vysolovací extrakční metoda 42 // 5.1.3 Guanidinová extrakční metoda 42 // 5.1.4 Extrakce pomocí separačních kolonek 42 // 5.1.4.1 Adsorpční extrakční mikrokolonky 42 // 5.1.4.2 Iontoméničové extrakční mikrokolonky 43 // 5.1.4.3 Mikroafinitní extrakční mikrokolonky 43 // 5.1.4.4 Extrakční kolonky na bázi ultrafiltrace a gelové filtrace 44 // 5.1.5 Extrakce NK pomocí separačních špiček 44 // 5.2 Specifické faktory ovlivňující účinnost extrakce molekul RNA 44 // 5.3 Purifikace molekul DNA a RNA 45 // 5.4 Charakteristika izolovaných a purifikovaných molekul NK. 45 // 5.5 Archivace extraktů NK 47 // 5.6 Etické zásady při práci s nukleovými kyselinami 47 // 5.7 Nejčastčjší chyby při práci s NK a možnosti jejich prevence 48 // 6. Reverzní transkripce 50 // 7. Elektroforéza nukleových kyselin 52 // 7.1 Používaná separační média 52 // 7.1.1 Agarosové gely 52 // 7.1.2 Akrylamidové gely 53 // 7.2 Přístrojové vybavení pro elektroforézu NK 54 // 7.3 Vizualizace NK v elektroforetickém gelu 54 // 7.4 Aplikace vzorků NK do elektroforetických gelů 55 // 7.5 Kapilární elektroforéza v analýze nukleových kyselin 55 // 7.6 Klinické použití elektroforézy NK 56 // 8. Význam klonování pro molekulárně genetické laboratoře 58 // 8.1 Přehled kionovacích technik 58 // 8.2 Inserty a vektory používané v molekulární genetice 59 // 8.3 Příprava rekombinantních molekul DNA 59 // 8.4 Techniky genového transferu 60 // 8.5 Testování úspěšnosti molekulárního klonování 60 // 8.6 Klinický význam molekulárního klonování 61 // 9. Hybridizační metody v molekulární genetice 63 // 9.1 Klasifikace hybridizačních technik 64 // 9.2 Hybridizace na pevném podkladu 64 // 9.2.1 Southemův přenos 65 // 9.2.2 Alelově specifická hybridizace 66 // 9.2.3 Reverzní blotting 66 //

9.3 In situ hybridizace 68 // 9.3.1 Fluorescenční in situ hybridizace 69 // 9.3.2 Klinické aplikace FISH technologie 69 // 9.4 Výroba hybridizačních sond 70 // 10. Čipové technologie v molekulární genetice 72 // 10.1 Dotykový tisk hotových sond (ink jet printing) 73 // 10.2 Fotolitografická výroba sond na čipu 73 // 10.3 Bezdotykový tisk sond (inkjetting) 74 // 10.4 Třídění čipů podle typu vyšetřované NK 74 // 10.4.1 Expresní čipy 74 // 10.4.2 Čipy pro vyšetření bodových mutací 74 // 10.4.3 Čipy pro komparativní genomovou hybridizaci 74 // 10.5 Trendy v oblasti čipové technologie 75 // 11. Polymerasová řetězová reakce- 76 // 11.1 Polymerasy a polymerasová řetězová reakce 76 // 11.1.1 Termolabilní polymerasy 76 // 11.1.2 Polymerasová řetězová reakce 77 // 11.1.3 Termostabilní polymerasy 78 // 11.1.4 Katalytické vlastnosti DNA polymeras 79 // 11.2. Reakční směs к provedení standardní PCR 81 // 11.3 Reakční prostředí pro PCR 82 // 11.4 Termocykléry 82 // 12. Modifikace PCR pro molekulární genetiku 84 // 13. Real-time PCR 89 // 13.1 Přístroje pro real-time PCR 90 // 13.2. Analýza pomocí hydrolyzačních sond 90 // 13.2.1 Hydrolyzační sondy (TaqMan sondy) a real-time PCR 90 // 13.2.2 Systém Universal ProbeLibrary 92 // 13.3 Analýza pomocí hybridizačních sond 93 // 13.3.1 Hybridizační FRET sondy 93 // 13.3.2 Hybridizační sondy Molecular Beacons 94 // 13.3.3 Analýza pomocí sond SimpleProbes 94 // 13.3.4 Analýza pomocí sond Scorpions 94 // 13.4 Kvantitativní analýza pomocí real-time PCR 95 // 13.5 COED real-time PCR 98 // 14. Digitální PCR 100 // 15. Amplifikační techniky založené na jiných enzymových reakcích 103 // 15.1 Metoda LCR 103 // 15.2 Metoda MLPA 104 // 15.3 Metody NASBA a TMA 105 // 15.4 Metody SDA 106 // 15.5 Metoda Q-beta replikasové amplifikace 107 //

15.6 Metoda bDNA 108 // 15.7 Metoda molekulární inverzní sondy 108 // 15.8 Metoda EAMP 109 // 15.9 Metoda MDA // 15.10 Metoda NEAR // 16. Analýza restrikčních fragmentů // 16.1 Restrikční enzymy // 16.2 Konstrukce restrikčnich map // 16.3 Reštrikční analýza v molekulární genetice // 16.4 Příprava reštrikční směsi // 17. Kontrola kvality v molekulární genetice // 17.1 Kontrolní vzorky pro vnitřní kontrolu kvality 118 // 17.1.1 Negativní amplifikační kontrola 118 // 17.1.2 Pozitivní amplifikační kontrola 119 // 17.1.3 Inhibiční amplifikační kontrola 119 // 17.1.4 Vnitřní standardy v molekulární genetice 120 // 17.1.4.1 Vnitřní standard jako přídavek exogenní NK 120 // 17.1.4.2 Vnitřní standard realizovaný bez přídavku NK 120 // 17.2 Referenční kontrolní vzorky pro EHK 21 // 18. Screeningové metody v molekulární genetice 123 // 18.1 Analýza heteroduplexů na nedenaturačních elektroforetických gelech 124 // 18.2 Vyšetření heteroduplexů pomocí gradientově elektroforézy 124 // 18.3 Metoda jednořetězcového konformačního polytnorfismu 126 // 18.4 Screeningová metoda založená na štěpení RNasou A 126 // 8.5 HRM analýza 127 // 18.6 Přínos screeningových metod pro molekulární genetiku 127 // 19. Sekvenování DNA - přehled tradičních sekvenačních metod 129 // 19.1 První pokusy o sekvenování fragmentů NK 130 // 19.2 Gilbertovo degradační sekvenování 131 // 19.3 Sangerovo syntetické sekvenování s dideoxynukleotidy 133 // 19.4 Automatizace Sangerova sekvenování 134 // 19.4.1 Sekvenační poloautomatické systémy 134 // 19.4.2 Automatické sekvenační systémy založené na kapilární elektroforéze 135 // 19.5 Metoda prodlužování primeru 137 // 19.6 Pyrosekvenování 137 // 19.7 Strategie sekvenování při analýze dlouhých úseků DNA 140 //

20. Technologie sekvenování druhé generace 142 // 20.1 Příprava knihovny DNA I43 // 20.1.1 Fragmentace DNA 144 // 20.1.2 Oprava nezarovnaných konců fragmentů DNA I45 // 20.1.3 Připojení koncových adaptérů 146 // 20.1.3.1 Připojení adaptérů pomocí ligasy 146 // 20.1.3.2 Připojení adaptérů pomocí modifikovaných amplifikačních primerů 150 // 20.2 Klonální ampliíikace sekvenovaných fragmentů 152 // 20.2.1 Klonální amplifikace pomocí emulzní PCR I53 // 20.2.2 Klonální amplifikace pomocí bridge PCR I55 // 20.3 Principy sekvenování druhé generace 157 // 20.3.1 Technologie 454 I57 // 20.3.1.1 Stručná historie technologie 454 157 // 20.3.1.2 Proces sekvenování pomocí technologie 454 157 // 20.3.1.3 Primární zpracování záznamu sekvenování 454 158 // 20.3.1.4 Technologické možnosti sekvenování 454 158 // 20.3.2 Technologie firmy lliumina 159 // 20.3.2.1 Stručná historie technologie lliumina 159 // 20.3.2.2 Průběh sekvenování pomocí technologie firmy Illumina 159 // 20.3.2.3 Primární zpracování záznamu sekvenování technologie lliumina 160 // 20.3.2.4 Technologické možnosti sekvenování systémů lliumina 160 // 20.3.3 Technologie Two Base Encoding 161 // 20.3.3.1 Stručná historie technologie Two Base Encoding 161 // 20.3.3.2 Průběh sekvenování pomocí technologie Two Base Encoding 161 // 20.3.3.3 Primární zpracování záznamu sekvenování Two Base Encoding 164 // 20.3.3.4 Technologické možnosti sekvenování Two Base Encoding 164 // 20.3.4 Technologie Ion Torrent 164 // 20.3.4.1 Stručná historie technologie Ion Torrent 164 // 20.3.4.2 Průbčh sekvenování pomocí technologie Ion Torrent 165 // 20.3.4.3 Technologické možnosti sekvenování Ion Torrent 165 // 20.3.5 Technologie fluorogenního pyrosekvenování 166 // 20.4 Analýza sekvenačních dat u zařízení NGS 166 //

20.4.1 Hodnocení dat a strategie celogenomového sekvenování 167 // 20.4.2 Hodnocení dat a strategie sekvenování obohacených fragmentů 169 // 20.4.2.1 Obohacení fragmentů pomocí long-range PCR 169 // 20.4.2.2 Obohacení fragmentů pomocí microdroplet PCR 170 // 20.4.2.3 Obohacení fragmentů pomocí hybridizačních sond 170 // 20.4.3 Hodnocení dat a strategie při sekvenování RNA transkriptů 170 // 20.4.4 Strategie a význam amplikonového sekvenování 170 // 20.4.5 Strategie a význam NGS v epigenomice 172 // 20.5 Nevýhody technologie sekvenování druhé generace 173 // 21. Technologie sekvenování třetí a vyšší generace 174 // 21.1 Obecná charakteristika sekvenačních systémů třetí a vyšší generace 174 // 21.2 Sekvenační zařízení typu True Single Molecule Sequencing 174 // 21.3 Sekvenační zařízení typu Single Molecule Real Time Sequencing 176 // 21.4 Sekvenační zařízení založená na technologii nanopórů 178 // 21.5 Sekvenační zařízení na bázi TIRF mikroskopie 178 // 21.6 Sekvenační zařízení na bázi elektronové mikroskopie 180 // 22. Základy genomiky ’81 // 22.1 Mapování lidského genomu 181 // 22.2 LOD skóre 183 // 22.3 Genetická mapa člověka 184 // 22.4 Vazebná rovnováha a vazebná nerovnováha 185 // 22.5 Vazebná nerovnováha a asociační populační studie 185 // 22.6 Projekt Lidský genom a jeho význam pro molekulární genetiku 186 // 22.7 Další významné projekty týkající se lidského genomu 187 // 22.8 Haplotypová analýza 187 // 23. Vybrané fyzikální a biologické proměnné používané v molekulární genetice 188 // Seznam použitých zkratek 191

(OCoLC)949930484

(EBSC)1239015